JAMA’da dün yayınlanan bir araştırma mektubuna göre, yeni bir SARS-CoV-2 varyantı, CAL.20C, yerel enfeksiyonlardaki bir artış ortasında güney Kaliforniya’da tespit edildi ve Amerika Birleşik Devletleri boyunca ve ötesinde yayılıyor .
Los Angeles’taki Cedars-Sinai Tıp Merkezi’ndeki (CSMC) araştırmacılar, Ekim 2020’de güney Kaliforniya’daki vakalardaki artıştan önce ve sonra COVID-19 suşlarını analiz ettiler. Ekim’den önce, buradaki çoğu koronavirüs suşu, 20C sınıfından kaynaklandı (virüs grubu, aynı ata), pandeminin ilk aşamalarında Avrupa üzerinden New York’ta ortaya çıktı.
CAL.20C veya 20C / S: 452R; / B1429, ilk olarak Temmuz ayında Los Angeles County’de 1.247 COVID-19 örneğinin 1’inde görüldü, ancak bölgede dört vakanın tespit edildiği Ekim ayına kadar tekrar gözlenmedi. CAL.20C, Ekim ayında yalnızca Güney Kaliforniya’da bulunmuşken, Kasım ayına kadar eyaletin kuzey kesiminde 30 vaka tespit edilmiş ve diğer beş eyalet varyantı bildirmişti.
22 Ocak’a kadar, varyant Kaliforniya’daki tüm koronavirüs suşlarının% 35’ini ve eyaletin güney kesimindeki tüm örneklerin% 44’ünü oluşturacak şekilde büyüdü ve 26 eyalette ve diğer ülkelerde tespit edildi. CAL.20C, Birleşik Krallık (B117), Güney Afrika (B1351) ve Brezilya’da (B11248) ilk kez tanımlananlar gibi yaygın olarak dolaşan diğer birkaç varyanttan biridir.
Bilinmeyen bulaşıcılık, ciddiyet
Araştırmacılar, 22 Kasım – 28 Aralık 2020 tarihleri arasında tüm CSMC COVID-19 hastane ve klinik hastalarından toplananlardan 185 SARS-CoV-2 örneğini rastgele sıraladı ve analiz etti. Arkasındaki genetiği görselleştirmek için bir grup açık kaynaklı araç olan Nextstrain’i kullanarak Viral salgınların bulaşmasını, ayrıca örneklerin ve 1.480 küresel temsili genomun evrimsel gelişimini ve çeşitliliğini de değerlendirdiler.
Örneklerin% 22’sini oluşturan 20G soyundan (şu anda Kuzey Amerika’daki en büyük kuşak) olan iki ana COVID-19 kümesinin arkasında iki tür belirlediler. Örneklerin% 36’sında bulunan daha büyük küme, 20C sınıfından gelen ve beş mutasyon içeren yeni CAL.20C varyantından oluşuyordu: ORF1a: I4205V, ORF1b: D1183Y, S: S13I; W152C; ve L452R. Son üç mutasyon, COVID-19 diken proteinini etkiler ve hücrelere daha kolay bağlanmayı sağlayabilir.
The authors observed that collection bias and a relatively small set of local samples may have skewed their results, adding that that the behavior of CAL.20C is yet unknown. “Additionally, as clinical outcomes have yet to be established, the functional effect of this strain regarding infectivity and disease severity remains uncertain,” they wrote. “Nevertheless, the identification of this novel strain is important to frontline and global surveillance of this evolving virus.”